De lopende budgetten houden onder het Deltaplan hun eigen budgetten, onafhankelijk van de 1 miljard euro. Staatssecretaris Joop Atsma (Infrastructuur en Milieu) kan echter geen garanties geven over de continuïteit. Het Hoogwaterbeschermingsprogramma met onderhoud- en verbetermaatregelen voor de waterkeringen werd tot nu toe betaald door het Rijk. Onlangs is de bijdrage gekort tot 100 miljoen euro per jaar. Atsma wil dat de waterschappen in de toekomst alles zelf betalen.
De twee kernthema`s van het Deltafonds zijn zoetwatervoorziening en herstructurering/nieuwbouw. Atsma meent dat lagere overheden het stokje over kunnen nemen. Dat wordt bewezen door projecten als de dijkteruglegging Lent bij Nijmegen. De gemeente Nijmegen financiert de inrichting van het nieuwe riviereiland.
