Echter, door de besparingsdrift moet het hoger onderwijs in 2010 en 2011 zo`n 20 miljoen euro inleveren. Daarenboven deelt het in de klappen bij de besparingen op onderzoek en ontwikkeling die tot 68 miljoen euro zullen oplopen. En hoewel de Vlaamse universiteiten het lang niet slecht doen in rankings, komt er steeds meer kritiek dat de Vlaamse universiteiten te weinig toegevoegde waarde leveren en dat hun onderzoek zich te weinig in economische returns vertaalt.
Volgens Paul De Knop, rector van de VUB en voormalig voorzitter van het Fonds voor Wetenschappelijk onderzoek, denken ondernemers en politici te snel in termen van waardering en gaan voorbij aan het feit dat er ook fases van fundamenteel onderzoek nodig zijn. Universiteiten bleven daar vroeger te veel bij stilstaan, maar vandaag vertellen de universiteiten te weinig waarmee ze bezig zijn. Ook de League of European Research Universities wijst op het belang van fundamenteel onderzoek.
