Zo worden mkb-bedrijven meestal bestuurd door en eigenaar die gewend is om onafhankelijk te beslissen en is er gebrek aan ervaring bij het samenwerken om tot innovatie te komen. Voorts hebben kleine bedrijven weinig machtsmiddelen tot hun beschikking en zullen ze erop moeten vertrouwen dat de koek eerlijk verdeeld wordt. Ook kan kennis ongewild naar andere bedrijven lekken, terwijl onbedoelde effecten voor kennisvalorisatie onbenut blijven. Ten slotte zijn er vaak culturele verschillen tussen de samenwerkende partijen die, in samenhang met de geringe ervaring, het succespercentage van innovatieprojecten verlagen.
Er zijn echter ook kritieke succesfactoren zoals een precieze vastlegging van rechten en plichten, een specifieke inbreng van elke partner, beschikbaarheid van resources, alliantiedoelstellingen die voortkomen uit de bedrijfsstrategie, snelle implementatie en resultaten en min of meer gelijke en niet conflicterende belangen bij het project.
