Met name orthodoxe reformatorische en gereformeerde scholen blijken moeite te hebben met homoseksualiteit. Ze maken daarbij wel onderscheid tussen homoseksuele geaardheid en homoseksuele praxis. Voormalig minister Plasterk van Onderwijs en Emancipatie wilde een eind maken aan de ruimte die scholen door de wet wordt geboden om vanwege hun Bijbelse grondslag dit onderscheid te maken. In de vorige coalitie slaagde Plasterk er echter niet in de wet aan te passen. Tot nu toe pleitte het christelijk onderwijs altijd tegen overheidsregels met betrekking tot de verplichte acceptatie van homoseksuelen.
Een meerderheid van de Tweede Kamer steunde eind mei een wetsvoorstel van D66 om ontslag van homoseksuele leerkrachten te verbieden. Scholen voor bijzonder onderwijs kunnen aan de hand van dit voorstel niet langer medewerkers ontslaan uitsluitend op basis van het feit dat iemand homo is.
